A estrutura interna da Groquifar é constituída por cinco Divisões:
- Div. Farmacêutica
- Div. Agroquímica
- Div. Veterinária
- Div. Química
- Div. Divisão Gestão de Pragas e Saúde Ambiental
As Divisões têm como objecto a análise, a definição de soluções ou linhas estratégicas, a elaboração de pareceres ou propostas de assuntos relevantes e coincidentes com os interesses dos respectivos associados.
Actualmente cada Mesa de Divisão é composta por três membros:
Um Presidente que é simultaneamente Vice-Presidente da Direcção e dois Vogais.
As Divisões Sectoriais reúnem todos os associados cuja actividade económica coincida com o objecto da respectiva Divisão e que nela se inscrevam:
- A Divisão Farmacêutica da GROQUIFAR engloba empresas grossistas de produtos farmacêuticos.
- A Divisão Agroquímica reúne Empresas que se dedicam à actividade de comercialização e distribuição de produtos agroquímicos.
- A Divisão Veterinária engloba as empresas que se dedicam à comercialização e distribuição de medicamentos para uso veterinário, produtos biológicos para uso veterinário, produtos de uso veterinário e biocidas de uso veterinário.
- A Divisão Química associa Empresas que se dedicam à importação, distribuição e comercialização de produtos químicos, em geral.
- Na Divisão Gestão de Pragas e Saúde Ambiental estão incluídas as empresas dedicadas ao controlo e irradiação de pragas.