A Direcção é constituída por um Presidente, cinco Vice-Presidentes, dois Vogais e cinco Suplentes. Cada um dos Vice-Presidentes é por sua vez o presidente de cada uma das cinco Divisões. Estas contam na sua constituição com mais dois Vogais, sendo a assessoria garantida por dois Secretários Executivos.
Na sua estrutura interna, a Groquifar integra cinco Divisões representativas das várias actividades do nosso âmbito:Existem três categorias de Associados: Efetivos, Aderentes e Honorários.
Podem ser todas as pessoas singulares ou coletivas que, no território nacional, se dediquem ao exercício da atividade de importação, exportação e distribuição de produtos farmacêuticos, agroquímicos, veterinários, químicos, biocidas ou à prestação de serviços de controlo de pragas urbanas, e que gozem em pleno os seus direitos e cumpram com os deveres estabelecidos pelos Estatutos e regulamentos da Associação.
Podem ser pessoas singulares ou coletivas que queiram pertencer à Associação, mesmo que o seu objeto social não coincida com o desta, Associados que tendo direito a participar nas assembleias gerais, não podem votar nem ser eleitos e que ficam obrigados a cumprir todos os deveres estabelecidos nos Estatutos e regulamentos da Associação.
Sob proposta da Direção, a Assembleia-Geral poderá designar Associados Honorários de entre entidades ou personalidades que se tenham destacado nos setores de atividade da Associação, pelo seu mérito próprio ou por terem prestado serviços relevantes à Associação ou aos setores. Os Associados Honorários têm direito a participar nas assembleias gerais mas não têm direito a votar nem a serem eleitos.